Da de ikke vidste, hvor langt den nordlige del af landet strakte sig, ankom jesuitterne til Chihuahua. I det 17. århundrede blev den nuværende tilstand dannet i sin sydvestlige del af det, der var kendt som Chínipas-regionen, mens resten af territoriet blev delt mellem den øvre og nedre Tarahumara.
De første forsøg på at evangelisere Chihuahua kom fra jesuitternes ture, der tidligere var bosat i staten Sinaloa. Den første, der blev bygget i regionen, var den, der blev rejst af fader Juan Castini i 1621 og kendt som Chínipas-missionen.
Jesuitterne arbejdede i bjergene blandt indianerne Tepehuanes, Guazaparas og Tarahumara, mens franciskanerne arbejdede i dale og sletter. Den første stabile missionær i Chínipas-regionen var jesuitfaderen Julio Pascual, martyrdrevet i 1632 sammen med fader Manuel Martínez. I 1680 gav Fray Juan María Salvatierra en kraftig impuls til den mission, der blev konsolideret i årene 1690 og 1730. I midten af det syttende århundrede blev jesuitemissionerne i Chínipas-regionen en af de bedst organiserede og avancerede.
Mod syd var Nabogame, hvor du stadig kan se kirken, kuratoren og missionshuset, som fader Miguel Wiytz byggede i 1744. Baborigame Satevo ligger i samme område, der fik ny styrke med administrationen af fader Luis Martín. og Tubares, grundlagt i 1699 af fader Manuel Ordaz og genoplivet af administrationen af historikeren Félix Sebastián. Sidstnævnte blev betragtet som en af de mest velhavende i kirke, hus, kvæg og gårde. I midten er missionerne i Cerocahui, Guazapares, Chínipas, Santa Ana og i det nordlige Babarocos og Moris.
Tarahumara Baja-området blev først evangeliseret af fader Juan Fonte, der gjorde sin første indgang i 1608. I år 1639 byggede fader Jerónimo Figueroa missionen San Pablo Balleza og Huejotitán (San Jerónimo), mens fader José Pascual samtidig byggede San Felipe. Inden for samme Tarahumara-region ligger også La joya, Santa María de las Cuevas og San Javier Savetó, sidstnævnte mission bygget i 1640 af fader Virgilio Máez.
Med hensyn til området Tarahumara Alta, som omfattede centrum og nord for denne enhed, begyndte evangeliseringsarbejdet af fædre Tardá, Guadalajara, Celada, Tarkay og Neuman. Missionerne inkluderet i denne region var: Tonachi, Norogachi, Nonoava, Narárachi, Sisoguichi, Carichi, San Borja, Temechí eller Temeichi, Coyachi eller Coyachic, Tomochi eller Tomochic, Tutuaca eller Tutuata, Papigochi, Santo Tomás, Matachi og Tesomachi. I midten af det syttende århundrede blev den jesuitiske mission Chihuahua den bedst organiserede og administrerede, med undtagelse af dem i Californien.
I Chihuahuan-området var der også franciskanernes mission. Målet med de religiøse var at fuldføre det link, der allerede eksisterede i den nordlige del af Zacatecas, som de grundlagde klostre for i Chihuahua og Durango. Klostrene skulle ligesom jesuitterne opfylde målet om at evangelisere de vantro. Bygningerne blev bygget af Vor Frue af Norden, som nu er Ciudad Juárez, San Buenaventura de Atotonilco (Villa López), Santiago Babonoyaba, Parral, Santa Isabel de Tarahumara, San Pedro de los Conchos, Bachiniva eller Bacínava (Vor Frue af Fødselskirken) ), Namiquipa (San Pedro Alcántara), Carretas (Santa María de Gracia), Julimes, San Andrés, Nombre de Dios, San Felipe el Real de Chihuahua og Casas Grandes.
