De religiøse, der kom ind i de upopulære territorier i det nordlige New Spain, bar ideen om at konvertere de "barbariske" nationer til kristendommen og således også integrere dem i det politiske liv for senere at finde skoler og byer i de landsbyer, der tidligere var oprettet af dem.
For at nå disse mål henvendte sig forældrene, altid ledsaget af væbnede grupper, til ikke-jøderne og tilbød dem beskyttelse mod kirken og den spanske krone i bytte for at modtage kristen uddannelse. Indianerne, der accepterede, samledes for at opbygge en mission og blev et tilflugtssted for indianerne og et sted at lære europæiske teknikker inden for landbrug og andre erhverv.
Når pacificeringen var afsluttet, blev missionen en begyndende by med en kirke, mens missionærerne flyttede et andet sted for at genstarte deres evangelistiske arbejde. Dette system var risikabelt, fordi de nordlige indianere helt sikkert udviste en vis modstand, da de var mere fjendtlige end dem i centrum, og de flygtede mod bjergene.
Omdannelsen fungerede baseret på tildeling af jord og beskyttelse til indianerne i bytte for lydighed. De, der var imod, blev straffet, mens de, der organiserede oprør, blev henrettet.
Når den indfødte stamme var samlet, blev en hovedkerne eller hoved integreret, som bestod af flere byer og bosættelser, der var underlagt den. Missionærerne boede i hovedvandet og var ansvarlige for mindst to besøgende landsbyer. Tre eller flere missionærer var afhængige af en rektor og en lokal besøgende. Disse virksomheder dannede sammen en provins.
Først blev en kirke lavet af sten rejst, og omkring den med adobe blev der bygget huse til de brøder, der skulle evangelisere, solen, terninger og indfødte familier og generelt en skole. I virksomhederne var der, hvad vi kunne kalde en primitiv økonomisk struktur. De havde arealer til dyrkning, såning af jord, åbning af veje og vandingskanaler; opdræt af husdyr, grøntsager og håndværkeraktiviteter. I skolerne blev katekismen, læsning, skrivning og musik undervist.
Efterhånden som tiden gik, blev nogle missioner helt opgivet på grund af forskellige begivenheder, såsom udvisningen af jesuitterne i 1767, spredningen af sygdomme, der blev bragt af spanierne, angrebene fra de "barbariske" indianere, vejrforholdene, de lange afstande og de små penge til at vedligeholde dem. Nogle bevares i dag, da kirker og andre nu udgør befolkninger af stor betydning. Imidlertid er det kun nogle steder, hvor deres oprindelige placering er kendt, og af andre er der kun ruiner tilbage.
Jesuitterne etablerede missioner i Baja California Norte og Sur, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, det nordlige Nayarit, en del af Durango og Coahuila. Efter deres afgang bosatte dominikanerne sig nord for Baja Californien, mens franciskanerne evangeliserede Tamaulipas og Nuevo León og erstattede missionærerne i Loyola-ordenen i den sydlige del af Baja Californien, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, Nayarit, Durango og Coahuila. I det nordlige centrum, efter oprørelsen af Zacatecos - som forhindrede de franciskanske missioner i at fortsætte - organiserede de indfødte sig i klostre.
I 1563 turnerede kaptajn Francisco de Ibarra det område, der inkluderer den nuværende tilstand Sinaloa, og grundlagde nogle byer. Disse varede dog kort tid, og det var først i 1591, at efter ordrer fra guvernøren i Nueva Vizcaya fik jesuitfædre Gonzalo de Tapia og Martín Pérez til opgave at evangelisere regionen.
De religiøse krydsede Sierra Madre Occidental i maj samme år og kom ind gennem Acaponeta, Nayarit og passerede gennem Culiacán, de ankom til stedet, hvor de den 6. juni 1591 grundlagde deres første bygning: San Felipe de Sinaloa.
