Hidalgo forlod Aguascalientes og satte kursen mod Zacatecas. Fra Zacatecas gik Hidalgo gennem Salinas, Venado, Charcas, Matehuala og Saltillo.
Her blev det bestemt, at de vigtigste ledere med de bedste tropper og pengene rejste til USA. Når de først var på vej, blev de taget til fange af royalisterne den 21. marts i Norias del Baján eller Acatita del Baján. Hidalgo blev ført til Monclova, derfra forlod han den 26. marts gennem Alamo og Mapimí og den 23. kom han ind i Chihuahua. Derefter blev processen dannet, og den 7. maj blev den første erklæring taget. Den kirkelige karakter af Hidalgo førte til, at hans retssag blev forsinket mere end hans ledsagere. Nedrivningsdom blev afsagt den 27. juli, og den 29. juli blev han henrettet på Royal Hospital, hvor Hidalgo blev fængslet. Krigsrådet fordømte fangen til at blive våben, ikke på et offentligt sted som hans ledsagere, og skyde ham til brystet og ikke til ryggen og dermed bevare hovedet. Hidalgo hørte sætningen roligt og forberedte sig på at dø.
Hans sidste dag er blevet beskrevet som følger: ”Tilbage i fængslet fik han serveret en chokolademorgenmad, og efter at have taget den bad han, at han i stedet for vand fik serveret et glas mælk, som han afsluttede med en ekstraordinær visning af appetit og glæde. Et øjeblik senere fik han at vide, at tiden var inde til at gå til torturen; Han hørte det uden ændringer, rejste sig op og erklærede, at han var klar til at rejse. Han kom faktisk ud fra den uhyggelige terning, hvor han befandt sig, og efter at have rykket femten eller tyve skridt fra den, stoppede han et øjeblik, fordi vagthavens officer havde spurgt ham, om noget blev tilbudt ham om at bortskaffe det sidste; På dette svarede han, at ja, han ville have dem til at give ham nogle slik, som han havde efterladt på sine puder: de bragte dem faktisk, og efter at have fordelt dem blandt de samme soldater, der skulle sætte ild på ham og marcherede bag ham, opmuntrede han og trøstede dem med sin tilgivelse og hans sødeste ord til at gøre deres arbejde; Og da han vidste meget godt, at han var blevet beordret til ikke at skyde hovedet, og han frygtede, at han ville lide meget, fordi det stadig var tusmørke og objekterne ikke så tydeligt, sluttede han med at sige: ”Den højre hånd, som jeg vil lægge på mit bryst, vil være , mine børn, det sikre mål, som du skal gå til ”.
”Torturets bænk var placeret der i en indvendig korral på den henviste skole, i modsætning til hvad der blev gjort med de andre helte, der blev henrettet på det lille torv bag nævnte bygning, og hvor monumentet er i dag. det minder os om ham og det nye indkøbscenter, der bar hans navn; og da Hidalgo vidste om det sted, hvortil han var henvendt, marcherede han med et fast og roligt skridt, og uden at lade øjnene blive bind for øjnene, bad han med en stærk og inderlig stemme salmen Miserere mig; Han ankom til stilladset, kyssede ham med resignation og respekt, og på trods af en slags skænderier, der ikke fik ham til at sidde med ryggen vendt, tog han sædet mod fronten, han lagde sin hånd på sit hjerte, han mindede soldaterne om, at dette var punkt, hvor de skulle skyde ham, og et øjeblik senere eksploderede udladningen af fem rifler, hvoraf den ene effektivt gennembrudte højre hånd uden at skade hjertet. Helten, næsten uhensigtsmæssig, anstrengte sin bøn, og deres stemmer blev tavs, da endnu en fem riflekurve blev detoneret igen, hvis kugler, der passerede kroppen, brød de bånd, der bandt ham til bænken, og manden faldt i en sø af blod, han var endnu ikke død; yderligere tre kugler var nødvendige for at afslutte den dyrebare eksistens, som havde respekteret døden i mere end 50 år. "
Solen var næppe født, da den allerede havde sat sig til offentligheden på en stol og i en betydelig højde og netop på ydersiden af dens. Hans hoved med Allende, Aldama og Jiménez blev anbragt i jernbure i hjørnerne af Alhóndiga de Granaditas i Guanajuato. Liget blev begravet i tredje orden i San Francisco de Chihuahua, og i 1824 blev bagagerummet og hovedet bragt til Mexico for at blive begravet med stor højtidelighed.
