Født i Como, Italien i 1702 af ædel fødsel. I Spanien, hvor han ankommer på flugt fra den østrigske krig, modtager han brede beføjelser til at indsamle pensionen fra Moctezumas efterkommere i Royal Cajas of Mexico.
Han rejste til New Spain i 1736. I løbet af de otte år af sit ophold dedikerede han sig til at undersøge jomfruens optræden af Guadalupe og indsamlede betydeligt grafisk og piktografisk materiale. Det fremmer kroningen af Guadalupan-billedet, hvilket forårsager mistillid til de vicekyndige myndigheder. Han bliver taget til fange, og hans samling er strippet. Måneder senere, efter at være deporteret til Spanien, lægger han på et skib, der falder i hænderne på piraterne, der opgiver ham i Gibraltar.
Med store værker ankom han til Spanien og kom i kontakt med samleren Mariano Fernández de Echeverríay Veytia, der opnåede sin frifindelse ved at blive udnævnt til Royal Chronicler of the Indies, en stilling som Boturini afviste for at dedikere sig til at skrive om oprindelige folks historie. Selvom han aldrig gendannede sin samling, skrev han kataloget over det indiske museum om det. Hans arbejde er meget originalt og veldokumenteret. Han døde i Madrid på en usikker dato mellem 1750 og 1755.
