Calleja var arrangør og chef for den centrale hær (1810-12) under uafhængighedskrigen og den trettende vicekonge i det nye Spanien, der regerede fra 1813 til 1816, og var en af de store skurke i Mexicos historie.
Han blev født i Medina del Campo, Valladolid, og døde i Valencia. Han foretog sin første kampagne som anden løjtnant i den ulykkelige Alger-ekspedition, der under Charles IIIs regering blev ledet af grev O'Reilly. Han var lærer og kaptajn på et selskab på 100 kadetter, blandt dem var Joaquín Blacke, regent efter Spanien, og Francisco Javier de Elío, fremtidig vicekonge i Buenos Aires, ved Militærskolen i Puerto de Santa María.
Han ankom til New Spain med den anden optælling af Revillagigedo (1789), som kaptajn knyttet til det faste infanteriregiment i Puebla, og udførte med succes adskillige kommissioner, indtil han blev udnævnt til chef for San Luis Potosí-brigaden. Han havde der under sin kommando kantonerne af tropper beordret til at samle af vicekonge Marquina, som kaptajn Ignacio Allende deltog med sin kompagni. Der giftede han sig også med Doña Francisca de la Gándara, datter af det kongelige banner i byen, som var ejer af den store Hacienda de Bledos; og han fik stor indflydelse på folket i landet, der kendte ham som "mesteren Don Félix."
Da Hidalgo opstod uden at vente på ordrer fra vicekongen, satte han tropperne fra sin brigade på armene, øgede dem med nye og organiserede og disciplinerede dem, han dannede den lille (4.000 mand) men magtfulde hær i centrum, som formåede at besejre Hidalgo og møde den formidable offensiv startet af Morelos.
Calleja trak sig tilbage til Mexico efter belejringen af Cuautla (maj 1812), han havde i sin bopæl (Casa de Moncada, senere kaldet Palacio Iturbide) sin lille domstol, hvor utilfredsheden med regeringen i Venegas stemte overens, som de beskyldte for manglende penge og magtesløs til at indeholde og afslutte revolutionen. Cirka 4 år senere regerede han landet som vicekonge. Han afsluttede hæren ved at få den til at nå 40.000 mand med linjetropper og provinsmilitser, og så mange af royalisterne organiserede sig i alle byer og godser, begge forlod for det meste de provinser, der var under revolution; han omorganiserede statskassen, hvis produkter steg med nye afgifter; den genoprettede den merkantile trafik med de hyppige konvojer, der cirkulerede igen fra den ene ende af riget til den anden og den regelmæssige posttjeneste; og voksede ydeevne og toldprodukter.
Dette indebærer de kontinuerlige og intense kampagner, som han fremmede mod oprørerne, hvor Morelos bukkede under. En beslutsom og skruppelløs mand, han stoppede ikke sig selv i medierne og lukkede øjnene for det misbrug, som hans kommandører begik, hvis de tjente den virkelige sag med iver. Han blev således hadsk mod sine samtidige.
Han vendte tilbage til Spanien og modtog titlen som grev af Calderón (1818) og de store kryds Isabel la Católica og San Hermenegildo. Efter at have været generalkaptajn i Andalusien og guvernør i Cádiz havde han kommando over de ekspeditionstropper i Sydamerika, der rejste sig, inden de forlod og reducerede ham til fængsel (1820). Frigivet nægtede han regeringen i Valencia og blev igen fængslet på Mallorca indtil 1823. "Renset" i 1825 forblev han i kasernen i Valencia indtil sin død.
