De arkæologiske rester af Ixtépete, et ceremonielt centrum nær byen Guadalajara i Zapopan kommune, og de nylige fund af mere end tyve skaktgrave i Atemajac-dalen giver os mulighed for at udlede, at der var vigtige erhverv i den klassiske periode (200 BC-650 AD)
Kort før erobringen blev dalen for det meste beboet af grupper af Cocas og Tecuexes, samlet i små landsbyer, der var afhængige af Tonallans herredømme, som blev sendt uden stor modstand af Nuño Beltrán de Guzmán i 1530.
I slutningen af det følgende år foretog Guzmán erobringen mod nord og overgav Juan de Oñate at krydse kløften i Santiago-floden og så vidt muligt, men med forsigtighed, fandt en spansk befolkning uden at udsætte sig selv. Den 5. januar 1532 blev Guadalajara grundlagt i nærheden af Nochistlán i det nuværende Zacatecas.
Betingelser, der var ugunstige for nybyggerne, forårsagede overførsel af denne by til Tonalá, men opholdet der var kortvarigt, og kort tid efter at latinamerikanerne bosatte sig i nærheden af Tlacotan, hvor de forblev indtil 1541. Oprøret af caxcanes bedre kendt som Mixtón-krigen, som Han satte spansk styre i alvorlig fare, han nåede udkanten af Guadalajara. Med oprøret nedlagt "af ild og blod" af den magtfulde hær ledet af vicekonge Antonio de Mendoza nåede byen fred, men blev efterladt uden indfødt arbejdskraft, så på jagt efter det besluttede de at flytte befolkningen og fandt passende Valle de Atemajac, hvor det sidste og endelige fundament blev oprettet den 14. februar 1542. Senere blev nyheden bekræftet, at kongen næsten tre år før havde tildelt byen rang og privilegier.
I 1546 oprettede pave Paul III bispedømmet Nueva Galicia, og i 1548 blev Audiencia med samme navn oprettet; Hovedkvarteret for begge jurisdiktioner var oprindeligt i Compostela, Tepic, indtil i 1560 blev dets ændring til Guadalajara beordret, hvilket gjorde det til domstolsleder for det store område, der derefter blev kaldt Audiencia af Guadalajara, hovedstaden i Kongeriget Nueva Galicia og sæde af bispedømmet. Da hver spansk by blev tegnet som et skakbræt fra det, der var torvet i San Fernando, og også som det var skik, blev de oprindelige kvarterer Mexicaltzingo, Analco og Mezquitán udeladt af planen. Evangeliseringsprocessen blev startet af franciskanerne efterfulgt af augustinerne og jesuitterne.
Efterhånden med vanskeligheder og tilbageslag, men også med succes, voksede Guadalajara og etablerede sig som et økonomisk og magtfuldt center, så meget, at et betydeligt antal velhavende fra Guadalajara i midten af det 18. århundrede ønskede, at Nueva Galicia med Nueva Vizcaya skulle integrere en fuldstændig udenlandsk vicekonge. til det nye Spanien, et mål, der ikke blev opnået, fordi de politisk-administrative reformer fra 1786 var ved døren, som ændrede den territoriale struktur og delte hele vicekongen i 12 kommuner, hvoraf den ene var Guadalajara.
Under kolonien, især i det 18. århundrede, efterlod den økonomiske boom en arkitektonisk, kulturel og kunstnerisk arv, hvis vidnesbyrd stadig er i hele byen.
Pro-uafhængighedens luft, der løb gennem hele det nye Spaniens territorium, trængte ind i Jalisco, så da uafhængighedskrigen brød ud i forskellige dele af kommunen var der oprør.
Den 26. november 1810 kom Don Miguel Hidalgo under kommando af en stor hær ind i Guadalajara og blev modtaget af José Antonio Torres, som kort før havde taget byen. Hidalgo udstedte her et dekret om afskaffelse af slaveri, stemplet papir og alcabalaer og sponsoreret trykningen af den oprørske avis El Despertador Americano.
Den 17. januar 1811 blev oprørerne besejret på Calderón-broen, og de royalistiske tropper i Calleja genvandt Guadalajara under antagelse af kommandoen José de la Cruz, der sammen med biskop Cabañas tilintetgjorde ethvert udbrud af oprør.
Udråbt uafhængighed i 1821 blev den frie og suveræne stat Jalisco rejst, hvilket efterlod Guadalajara som hovedstad for staten og magtsæde.
Den ustabilitet, der var fremherskende i næsten hele det nittende århundrede i landet, forværret af udenlandske invasioner, gjorde det vanskeligt, men forhindrede ikke staten og især i dens hovedstad i at fortsætte udviklingen i forskellige ordener. Håndgribelige eksempler er: i andet kvartal af århundredet, oprettelsen af Institute of State Sciences; opførelsen af Kunsthåndværksskolen, Botanisk Have, Fængselscentre og Pantheon i Bethlehem samt åbningen af de første fabrikker.
I begyndelsen af firserne dukkede byens sporvogne op med dyrekørsel, det elektriske lys blev installeret i 1884, i 1888 ankom den første jernbane i Mexico og Manzanillo i 1909. I halvfemserne grundlagde Don Mariano Bárcena Astronomical Observatory og Industrimuseet.
Under revolutionen var der i Guadalajara nogle handlinger fra oprør mod Díaz-diktaturet, såsom arbejderstrejker og studenterprotester, og Madero blev endda modtaget i 1909 og 1910 med store udtryk for sympati. Der var dog ingen krigsførende begivenheder i kølvandet. På den anden side led hovedstaden i Guadalajara en slags stagnation, der sluttede i 1930, når freden, der blev brudt af Cristeros-krigen, blev aftalt og begyndte et ønske om modernisering, der ikke er afsluttet.
Se også Colonial Cities: Guadalajara, Jalisco
