Byens bygningsstruktur var bygget på bakkeskråningerne og måtte tilpasse sig de topografiske aspekter af terrænet, men prøvede at respektere en retikulær form som et skakbræt.
Dette aspekt lod det til sidst vokse på en målt og harmonisk måde, som gennem århundrederne har bevaret sin oprindelige karakter. Dets fundament opstod fra behovet for at beskytte og beskytte rejsende, der passerede mellem Zacatecas og hovedstaden i det daværende kongerige Ny Spanien, der hovedsagelig transporterede mineraler, og som blev belejret af de indfødte nomader fra Chichimeca-nationen. Omkring 1542 Fray Juan de San Miguel etablerede i nærheden af den nuværende by en by med navnet Itzcuinapan, der dedikerede ærkeenglen San Miguel som skytshelgen. Den primitive befolkning havde alvorlige problemer med vandforsyningen ud over de kontinuerlige og voldelige angreb fra de indfødte Chichimecas i de omkringliggende regioner. Af denne grund flyttede indbyggerne i Villa de San Miguel bosættelsen et par kilometer mod nordøst; det var det sted, hvor Villa de San Miguel el Grande i 1555 på anmodning af vicekonge Don Luis de Velasco blev grundlagt af Don Ángel de Villafañe. Vicekongen krævede også, at spanske naboer bosatte sig der, der skulle få jord og husdyr, mens de oprindelige folk, der boede i det, ville blive tilgivet hyldest og ville blive styret af deres egne høvdinge for at undgå fremtidige oprør.
Den 8. marts 1826 gjorde statskongressen den til en by og skiftede navn, som fremover ville være San Miguel de Allende til ære for den berømte oprør, der blev født der i 1779.
Inde i dette attraktive koloniale billede er der adskillige virkelig bemærkelsesværdige paladser. Blandt de mest fremragende er kommunepaladset, tidligere rådhuset bygget i 1736. Huset, hvor Ignacio Allende blev født, et eksempel på byens barokke arkitektur, især på facaden, og som i øjeblikket er det regionale museum. Casa del Mayorazgo de la Canal med en smuk neoklassisk facade blev afsluttet mod slutningen af det 18. århundrede af José Mariano de la Canal y Hervas, rådmand, dekan og kongelig banner. Det gamle herregård Don Manuel T. de la Canal, en konstruktion fra 1735, der blev istandsat i henhold til et projekt af den berømte spanske arkitekt Don Manuel Tolsá i 1809; Bygningen huser i øjeblikket Allende Institute, og det fremhæver bredden af dets indvendige terrasser, et smukt kapel og dets ekstraordinære arkade. House of the Inquisitor, der fungerede som residens for kommissæren for det hellige kontor, og som stammer fra 1780. House of the Marqués de Jaral de Berrio, bygget i slutningen af det 18. århundrede, og det af grevene i Loja med sin elegante facade.
Med hensyn til religiøs arkitektur kan byen også prale af arkitektoniske skatte af ekstraordinær værdi, såsom kirken og klostret Santo Domingo, en ædru bygning fra 1737. Klostret Leal de la Concepción, som i øjeblikket er Kulturcenter, Det er en bemærkelsesværdig bygning for sin enorme gårdhave; Det blev bygget i det 18. århundrede af arkitekten Francisco Martínez Gudlño.
Kapellet Santa Cruz del Chorro, et af de ældste; 3. ordens tempel, der stammer fra det tidlige syttende århundrede. Det smukke ensemble i templet og oratoriet i San Felipe Neri, fra det tidlige 18. århundrede; kirken har en sprudlende barokfacade lavet i lyserød stenbrud og dekoreret med en stærk indfødt indflydelse. Dens interiør har en varieret og rig dekoration mellem møbler, skulpturer og malerier, der er beundringsværdige, ud over det fantastiske kapel i Santa Casa de Loreto og dets Camarín de la Virgen, begge udsøgt dekoreret og på grund af Marquis Manuel hengivenhed Tomás de la Canal. Tæt ved oratoriet ligger templet Vor Frue af Sundhed, bygget i det 18. århundrede med sin forsænkede facade kronet af en stor skal.
Også blandt de mest attraktive i byen er San Francisco-templet fra det 18. århundrede med sin smukke Churrigueresque-facade, og den berømte sogn er næsten et symbol på San Miguel de Allende; Selvom dens neo-gotiske stilkonstruktion er nyere, blev den bygget på strukturen i det gamle tempel fra det 17. århundrede under fuld respekt for dets indre og dets oprindelige plan.
Meget tæt på byen ligger helligdommen Atotonilco, en konstruktion fra det 13. århundrede af sober proportioner, der ligner en fæstning, og hvori værdifulde malerier fra samme århundrede bevares.
