Født i Ozumba, staten Mexico, i 1737, omfavnede han en religiøs karriere og blev ordineret til præst i en alder af tyve.
På trods af sin filosofiske uddannelse har han i en meget ung alder været optaget af viden og anvendelse af naturvidenskab, fysik, matematik og astronomi. Han offentliggør værdifulde værker om videnskabelige emner i sin tids aviser og magasiner. Han erhvervede international berømmelse og blev udpeget som en tilsvarende partner for Paris Academy of Sciences. Han bruger meget af sin tid på at gennemføre videnskabelige eksperimenter og samler et stort bibliotek. Han er en samler af arkæologiske stykker og sjældne eksemplarer af planter og dyr. Udforsk Xochicalco. I 1884 blev Antonio Alzate Scientific Society grundlagt, som i 1935 blev National Academy of Sciences. Hans bedst kendte redaktionelle arbejde er noterne til den antikke historie i Mexico af jesuiten Francisco Javier Clavijero. Det siges, at han er en fjern slægtning til Sor Juana Inés de la Cruz. Han døde i Mexico City i 1799.
