Med kun tre eller fire måneders regn om året var Colima i stand til at opfylde de nødvendige betingelser for menneskelivet takket være de mange vandløb, der kom fra de øvre dele af Volcán de Fuego. Bevis viser, at mennesket bosatte sig i denne dal omkring 1500 f.Kr.
Kulturen kendt som Complejo Capacha var landbrugs- og stillesiddende samfund, der gav anledning til den berømte tradition for skaktgrave: ligkamre, hvor der blev deponeret rige tilbud, og som blev adgang til gennem en lodret og rund skaft fra 1.20 til 1.40 m i diameter. I rekreativt center Tampumachay, i byen Los Ortices, er der tre grave med den originale skaft og hvælvinger og inde i en række stenbeholdere og redskaber, der tilbydes de døde.
Da religionen havde større vægt i den sociale organisation, fra 600 e.Kr., begyndte der at bygges ceremonielle rum fra firkanter, afgrænsede gårde og rektangulære platforme med betydelige dimensioner. De mere arkitektonisk komplekse bosættelser udviklede sig først efter 900 e.Kr.
Det sted, der bedst repræsenterer denne fase, er La Campana. Det er en stor bosættelse - dens ceremonielle område oversteg 50 hektar - med en række rektangulære platforme. Øverst på disse platforme er der områder, der sandsynligvis er relateret til kornlagring. Der er også komplekse boligsystemer, der utvivlsomt burde have været besat af civile og religiøse ledere.
To aspekter skiller sig ud på dette sted: placeringen af skaktgrave integreret i ceremonielle rum og eksistensen af et komplekst netværk af dræning og vandledninger.
Et andet vigtigt arkæologisk sted i Colima er El Chanal, der ligger ca. 6 km nord for byen, som må have haft en maksimal udvidelse på 200 hektar. Da den strakte sig til begge bredder af Colima-floden, er den kendt som El Chanal Este og El Chanal Oeste. Sidstnævnte viser, selvom det ikke er blevet undersøgt fuldt ud, en åbenbar kompleksitet, da det har gårde, pladser, strukturer, kanaler og gader. El Chanal Este blev på den anden side stort set ødelagt, fordi den moderne by, der bærer sit navn, blev etableret på sine ruiner.
Undersøgelserne viser, at der på stedet er vejledende elementer i det dobbelte tempel, begrebet bænkalter og alterplatforme af små dimensioner samt et stort antal bulkskulpturer, graveringer og stenrelieffer; tal relateret til Xantiles; polykrom keramik, der danner konturer af ørne og fjerede slanger; og endelig metal. Men det mest fremragende ved denne kultur er tilstedeværelsen af det urbane fænomen og kalenderens eksistens.
